Le Département dispose de la double compétence, génie civil et génie écologique, pour aménager les grandes rivières sarthoises dans le respect de la réglementation, des orientations du SDAGE et des SAGE, et en concertation étroite avec les usagers et l’ensemble des partenaires concernés.

Le Département assure la valorisation du domaine public fluvial dont il est propriétaire : la Sarthe aval du barrage d'enfer au Mans à la limite du Maine-et-Loire, et le Loir, du barrage de la pointe à Chahaignes à la limite du Maine-et-Loire. Il gère aussi les infrastructures hydrauliques, liées à la navigation sur la Sarthe aval.

Sur l'Huisne, entre la commune d'Avezé et Yvré-l'Evêque, les actions inscrites au Contrat Territorial Milieux Aquatiques (C.T.M.A.) et au Contrat régional bassin versant (C.R.B.V.) sont portées par le Syndicat mixte de la rivière Huisne.

Les cours d’eau sont des milieux naturels riches mais fragiles qu’il convient d’entretenir de manière raisonnée.  Les programmes de travaux ambitieux engagés par le Département concourent à l'atteinte du bon état écologique des cours d'eau dont il a la charge.